История епархии
До революции 1917 г. большая часть современной Костанайской области входила в состав Тургайской области, которая включала в свой состав 4 уезда: Тургайский, Николаевский (Кустанайский), Актюбинский и Иргизский. Духовное окормление верующих, которые жили на этой территории осуществляли оренбургские архиереи. Приходы на территории Сарыкольского и Узункольского районов относились к Омской епархии. Православные храмы и приходы до 80-х годов 19-го века можно было встретить только по границам Тургайской области, по т.н. Горькой линии. Так самый старейший в нашей области православный храм был основан в конце 18-го века в казачьей станице Пресногорьковская. По историческим данным храм построили в 1799 году и освятили в честь св. Николая (зимний придел) и Казанской иконы Божией Матери (летний придел). В середине 19-го века в ст.Михайловская (Карабалыкаский район) была построена церковь в честь Архистратига Михаила. С момента прибытия первых поселенцев (70-е годы 19 века) и до 1917г. в Кустанайском уезде было уже построено больше 140 православных церквей (молитвенных домов) и два православных монастыря (мужской и женский).
В ноябре 1914 года было создано Кустанайское викариатство Оренбургской епархии. Первым епископом-викарием в Кустанае стал Серафим (Александров; 14 декабря 1914 — 24 марта 1916 г.). После викариатство принял епископ Леонтий (Вимпфен; с 24 марта по 16 декабря 1916 г). 6 июля 1919 года епископ Леонтий был расстрелян по приказу Кирова. С 16 декабря 1916 года Кустанайскую викариантскую кафедру возглавлял архиепископ Дионисий (Прозоровский). В мае 1923 года он был арестован по обвинению в "выступлении противизъятие церковных ценностей" и был этапирован в Москву.
В 1918 году ставился вопрос о создании вместо Челябинского и Кустанайского викариатств самостоятельных епархий. Архиепископ Мефодий (Герасимов) дал такую резолюцию: «В принципе с постановлением Епархиального собрания согласен. Но фактическое выделение Челябинского и Кустанайского викариатств в самостоятельные епархии отложить до более благоприятного времени и выделение вести постепенно. В первую очередь выделить Челябинское викариатство в самостоятельную епископию с упрощённым управлением. Выделение Кустанайского викариатства временно отложить. Кустанайское викариатство Оренбургской епархии закрыть. Таково мое мнение». Но в 1919 года викарием был вновь назначен Серафим (Александров). Епископом в Костанае он пробыл до 1922 года. 20 ноября 1936 г., будучи епископом другой епархии, он был арестован, обвинялся в распространении антисоветской агитации, и в том, что был обязан делать в соответствии со своим архиерейским саном – награждал священников, повышал их в церковных званиях, оказывал содействие духовенству в других городах, принимал на должности священников ранее репрессированных лиц. Решением Особого совещания при НКВД СССР 27 февраля 1937 г. его приговорили к трем годам ссылки в Казахстан. Был этапирован в Петропавловск. 26 ноября 1937 г. был приговорен к высшей мере наказания решением Тройки Управления НКВД по Северо-Казахстанской области. Известно, что отца Серафима расстреляли 2 декабря 1937 года в Кустанае. 4 апреля 1989 года он был реабилитирован прокуратурой СССР. С 1924 по 1925 года епископом-викарием Кустанайского викариатсва Оренбургской епархии был назначен Николай (Амасийский).
После Февральской революции 1917 года в русском православии возник раскол. От Русской Православной церкви, возглавляемой патриархом Тихоном отделилась группа духовенства, которые называли себя обновленцами или "живоцерковниками". Живоцерковники выступали против патриарха Тихона, заявляли о полной поддержке советской власти и проводимых ею преобразований, выступали за модернизацию богослужений и т.д. Не обошло обновленчество и Кустанайскую область. Так "живоцерковниками" объявили себя клирики Никольского собора Александр Косолапов и Арсений Жутов. Перед Никольским собором в 1925 г. обновленцы обратились к православным г.Кустаная с предложением примириться. Епископу Николаю ими было послано обращение, в котором ему предлагалось высказать свои условия и призвать к тому же подведомственное ему духовенство и мирян, а в случае несогласия сообщить, какие он имеет к тому причины и препятствия. Не получая ответа, послали вторично, но оказалось, что он уже уехал из Кустаная и, таким образом, избежал неприятных объяснений.
В 1925 году указом патриарха Тихона была образована Кустанайская епархия. Правящим архиереем был назначен священник Никольского собора г.Кустаная Антонин (Русанов). Саященник Антонин Русанов был возведен в сан епископа с именем Тимон. Церковная кафедра Кустанайского епископа располагалась в Константино-Еленинской церкви, т.к. Никольский собор "захватили" живоцерковники-обновленцы. Кустанайская епархия существовала пять лет до смерти епископа Тимона, который скончался в возрасте 57-ми лет в 1930 году. Отпевание совершил Епископ Павел Троицкий. После смерти епископа Тимона, церковными делами стал управлять епископ Александр (Раевский), а в 1936 году его место занял Серафим (Зборовский), который оставался епископом в Кустанае до 1937 г. Обновленчество, несмотря на самую активную поддержку атеистического государства, было побеждено в начале 40-х годов XX-го века. Подавляющее большинство верующих так и не поддержали раскольников.
По новой Конституции СССР 1936 года права голоса получали все граждане страны. Между тем, всесоюзная перепись населения 1936 года показала, что почти 57 процентов населения страны оказались верующими. Кроме того, часть верующих в обстановке террора, когда людей арестовывали лишь за то, что у них дома хранилась Библия, уклонилась от ответа. Таким образом, в выборах в центральный орган государственной власти, которые должны были пройти в декабре 1937 года, могли принять участие люди чуждых коммунистам убеждений. Люди, не перемолотые в идеологической мясорубке большевизма, явные и скрытые враги Советской власти. Особое внимание предлагалось обратить на духовенство и монашествующих, которые и ранее подлежали преследованию по статье 58 Уголовного Кодекса СССР, как враги советской власти, «антисоветчики», «контрреволюционеры». В Кустанае первые аресты среди духовенства и монашествующих начались 28 августа 1937 года (см. Репрессии и гонения на Русскую Православную Церковь в Кустанайской области в годы советской власти) . По архивным данным репрессиям за исповедование своей веры в Кустанайской области в 37-38 гг. подверглись сотни священников, монахов и др. служителей церкви. Среди репрессированных было много и ссыльных священников, которые были высланы в Кустанайскую область из центральных областей СССР в 20-30 годах XX-го века. Все репрессированные и расстрелянные в Костанае в 1937-38 гг., в т.ч. и по «делу церковников», были похоронены в общих могилах в местах массовых захоронений, при этом в материалах уголовных дел места захоронений не указывались. К сожалению, точное место захоронения по каждому из приговоренных к расстрелу в 37-м году неизвестно. На территории Костаная известно три места массовых захоронений репрессированных в 1937 году: в районе ГАИ, на Наримановском кладбище и возле городской тюрьмы в районе домов 11,13 и 15 по ул.Жангильдина. Большое захоронение находится также возле п. Новоселовка в 15 км. от областного центра.
Советская власть с первых дней своего существования поставила задачу — полное, с самой беспощадной жестокостью, уничтожение Православной Церкви. В Кустанайской области почти все храмы и монастыри были закрыты и разрушены еще в 20-30 годах. Последний действующий храм — Кладбищенская церковь в г. Кустанае — была закрыта в 1937 году. После Великой Отечественной войны часть храмов в Кустанайской области была открыта, но уже к 50-м годам в регионе остался только один действующий храм — небольшая Константино-Еленинская Церковь. В Кустанайской области по воспоминаниям очевидцев и по архивным данным было несколько монашеских общин. Они распологались в п.Затобольск, в п.Боровской. Небольшая монашеская община долгое время находилась в Кустанае в 40-е — 70-е годы по улице Баймагамбетова (в районе между ул. Шипина и ул.Валиханова). По словам старожилов, монахини жили здесь до середины семидесятых годов. Помнят в Кустанае и протоиерея Николая Пасько, который в 1957 году стал священником Константино-Еленинской церкви, а с 1963 года до середины 80-х годов был настоятелем этого храма. Священник имел большое почитание среди православного народа Кустанайской области. Могила его находится рядом с могилами епископа Тимона и монахинь Анны и Евпраксии.
В 1988 году началось смягчение государственной политики по отношению к церкви и верующим. Начали открываться закрытые ранее храмы и строиться новые. 1 января 1991 года определением Священного Синода и Святейшего Патриарха образовывается Уральская кафедра и ее первым Правящим Архиереем назначается Преосвященный Епископ Антоний. В состав новой Епархии вошли области, выделенные из состава некогда единой Алма-Атинской и Казахстанской Епархии – это Уральская (Западно-Казахстанская), Актюбинская, Гурьевская (Атырауская), Мангышлакская (Мангыстауская), Кустанайская (Костанайская) и Тургайская (ныне расформированная, часть ее районов присоединены к Костанайской). В 1992 году Епархия была зарегистрирована в Министерстве юстиции Казахстана и власти Уральска предоставили здание для Епархиального Управления и архиерейского дома. Поскольку в государстве кардинально изменилось отношение к религии и, в частности, к Русской Православной Церкви, то начался этап возрождения и в нашей Епархии. Увеличилось количество приходов с 22-х до 46-ти.
Костанайская епархия была образована решением Священного Синода от 6 октября 2010 года (с последующим утверждением на Архиерейском Соборе) в пределах Костанайской и Северо-Казахстанской областей путём выделения из состава Чимкентской и Уральской епархий. Синод постановил епископу Костанайскому иметь титул Костанайский и Петропавловский и определил Преосвященным Костанайским и Петропавловским быть епископу Анатолию (Аксёнову). 23 ноября за торжественном богослужением состоялось официальное вступление в управление епархией Преосвященного Анатолия. 5 октября 2011 года из состава Костанайской епархии была выделена самостоятельная Петропавловская епархия в пределах Северо-Казахстанской области. И наша епархия стала именоваться Костанайской и Рудненской. 25 марта 2011 года решением Синода Митрополичьего округа в Республике Казахстан епископ Анатолий назначен председателем Хозяйственного управления Казахстанского митрополичьего округа. 5 октября 2011 года в связи с образованием Петропавловско-Булаевской епархии титул его был изменён на Костанайский и Рудненский.
Указом Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Кирилла от 25 августа 2020 года в связи с почислением на покой епископа Костанайского и Рудненского Анатолия (журнал № 57) временное управление Костанайской епархией поручено митрополиту Астанайскому и Казахстанскому Александру.